Struktur organisasi adalah sistem yang digunakan untuk mendefinisikan hierarki dalam sebuah lembaga atau instansi dengan tujuan menetapkan cara sebuah lembaga atau instansi dapat beroperasi dan membantu lembaga tersebut dalam mencapai tujuan yang ditetapkan. Dalam sebuah lembaga terutama lembaga pendidikan sangat dibutuhkan sebuah struktur organisasi. Struktur organisasi ini digunakan sebagai acuan garis komando dan garis kerja sama antar masing-masing lini dalam menjalankan roda tugas dan fungsinya masing-masing. Sehingga terjalin komando dan koordinasi dengan baik untuk tercapainya tujuan madrasah. Struktur organisasi MTs Negeri 15 Boyolali tersusun dalam bagan di bawah ini
